O acervo arquivístico é formado pelo Fundo Institucional (1896 – atual) com documentos que representam as atividades administrativas, culturais, de pesquisa e produção da instituição, compostos por:
Os conjuntos mais pesquisados pelos usuários são as séries de Correspondências e Ofícios, os Relatórios Anuais de Gestão, que registram as principais atividades de cada área do Instituto Butantan, e os livros de registro de entrada de animais do Laboratório de Herpetologia, com mais de um século de registros dos animais peçonhentos recebidos pelo Butantan como parte do sistema de permuta que ocorre desde seus primeiros anos.
Composto por negativos, ampliações fotográficas e diapositivos de imagens com diversas temáticas: encontros científicos, palestras, inaugurações e eventos, infraestrutura, prédios e laboratórios, antigo clube dos funcionários, pesquisadores e funcionários, e visitantes no Instituto Butantan.
Reúne conjuntos de ilustrações de animais peçonhentos, em sua maioria serpentes, dos desenhistas do instituto Augusto Esteves, Aurélio Ferraz Costa, Delminda Vargas Travassos, Tereza Santos Sarli e Carlos Rodolpho Fischer. Também reúne uma série de cartazes com temáticas voltadas a divulgação científica e prevenção contra acidentes com animais peçonhentos, além de uma coleção de xilogravuras da artista Claudia Sperb.
Composto por anteprojetos, croquis, plantas, mapas, memorial descritivo e levantamento topográfico de áreas do Instituto Butantan como o Serpentário, Setor de Vírus e Genética, Seção de Imunopatologia, Fisiopatologia, Zoologia Médica, Hospital Vital Brazil, Biotério, Produção, Biblioteca, conjunto residencial do Butantan, planejamento dos laboratórios, Museu Biológico, Pavilhão Lemos Monteiro, Fazenda São Joaquim, Diretoria, Restaurante e prédios da área administrativa e do parque.
Composto por filmes sobre as atividades do instituto, eventos, viagens de campo, seminários, homenagens a pesquisadores e áreas do Butantan. Um exemplo é o documentário belga de 1952, La mort qui guette – A morte que espreita – e Colar de Coral, filme de ficção de 1951 com locação no Instituto Butantan. O acervo contempla também reportagens sobre o Instituto Butantan e outras temáticas pertinentes às linhas de pesquisa da instituição. Estes documentos estão nos seguintes suportes: rolo de filme, VHS, miniDV e DVD. Uma parte deste acervo está alocada na Cinemateca Brasileira.
Composto por gravações de eventos científicos, homenagens e depoimentos orais em rolos de áudio, fitas cassetes, discos e CD’S. Destaque para as entrevistas de Jairo Mendes (serpentarista), dos funcionários do Hospital Vital Brazil, dos antigos diretores e pesquisadores do instituto, como o Dr. Isaias Raw e Willy Beçak.
Composto por documentos que registram homenagens e prêmios recebidos pelo Butantan, como broches, placas e medalhas. Destaque para as medalhas de participação do Butantan na Exposição Industrial de São Paulo, em 1917 e 1918, na Exposição Internacional de Hygiene, e no 4º Congresso Médico Latino, realizado no Rio de Janeiro em 1909.
