O acervo do Instituto Butantan, sob a guarda do Centro de Memória, compõe uma parte relevante da memória dos acervos de saúde, ciência e tecnologia de São Paulo. Atualmente, está organizado em fundos institucionais, pessoais e em coleções relacionadas às atividades culturais, de pesquisa e de produção de imunobiológicos, contemplando o final do século XIX até os dias atuais.
As primeiras iniciativas de preservação da memória institucional aconteceram no final dos anos de 1970 quando se começou a planejar o Museu Histórico, o “Grupo de Trabalho para Levantamento de Material de Caráter Histórico para a Futura Instalação do Museu Histórico do Instituto Butantan”. Neste contexto foi feito o recolhimento de documentos identificados como sendo de caráter histórico nos laboratórios e unidades de produção da instituição, em processo que perdurou até o final de 1981. Nos anos seguintes, a documentação ficou guardada sem receber o tratamento técnico e de preservação adequadas. Muitos documentos foram extraviados por conta de mudanças e não havia um responsável pela sua gestão, apesar de permanecer sob a tutela do Museu Histórico do Centro de Desenvolvimento Cultural.
Em 2000, um projeto contemplado pela FAPESP possibilitou a parceria com a Empresa Memória e Identidade, que fez o primeiro diagnóstico dessa documentação, distinguindo as tipologias documentais, e separando e identificando uma parte dos documentos fotográficos.
Em 2007, os documentos passaram por uma divisão por gêneros e o acervo audiovisual (com exceção dos VHS) foi transferido para a Cinemateca Brasileira. Após a criação do Núcleo de Documentação, em 2010, o acervo começa a receber um tratamento arquivístico, com levantamento dos órgãos produtores, datas limites e identificação dos documentos.
Entre os anos de 2013 a 2015, a documentação fotográfica, com apoio da Fundação Butantan, passou por um novo processo de higienização, digitalização e acondicionamento feito pela Empresa Terra Verde.
Entre 2014 e 2015, foi realizada a primeira ação na totalidade do acervo com a elaboração do Registro Topográfico, onde os documentos foram mapeados nos seus espaços de guarda, acondicionados e separados, quando necessário, levando em consideração as questões de conservação.
Entre 2014 e 2016, os documentos textuais do acervo do Laboratório de Herpetologia, parte integrante do Fundo Instituto Butantan, foram identificados e preservados por meio do projeto aprovado pelo Programa Ibearquivos - ADAI. Por conta destes dois projetos voltados para a conservação, foi criado o Programa Permanente de Conservação Preventiva e, em 2018, as cartas e ofícios de 1900 a 1924 do acervo da diretoria foram contempladas pelo Programa PROAC - “Preservação e Difusão das Correspondências do Instituto Butantan”, que teve como objetivo a organização e conservação destes documentos, compostos por cerca de 20 mil itens documentais.
Neste mesmo ano, foram iniciados os diagnósticos dos documentos digitais a fim de elaborar o plano de preservação digital. Neste processo foram identificados os formatos dos arquivos e seus metadados. Esses documentos estão em fase de migração para suportes e formatos atuais e fazem parte do Projeto “Desenvolvimento de repositório digital para a preservação e difusão dos acervos do Instituto Butantan” (PROAC), que lançou o Repositório AToM para acesso aos documentos digitalizados e informações dos acervos.
Em 2019, foi criado o Centro de Memória, órgão que custodia todos os acervos institucionais, incluindo o acervo museológico que, até então, permanecia apartado do restante da documentação.
Entre 2020 e 2021, foram iniciadas pesquisas que visam ampliar a preservação dos fundos pessoais de cientistas, do Fundo Grupo Escolar Rural do Butantan e do Fundo do Instituto Vacinogênico, incorporado ao Instituto Butantan em 1925.
